Иоанн Алексеевич Беляев родился 21 сентября 1873 года в селе Воскресенки Подольского уезда Московской губернии в семье священника Алексея Алексеевича Беляева.
По окончании Донского духовного училища в августе 1889 года Иоанн Беляев поступил в Московскую Духовную Семинарию, полный курс которой окончил в 1895 году с аттестатом II разряда и устроился учителем в Никулинскую церковноприходскую школу Звенигородского уезда Московской губернии, а в 1903 году стал ее заведующим. В том же году женился на Марии Алексеевне Розановой, 1881 года рождения – дочери диакона Вознесенской церкви города Воскресенска Московской губернии Алексия Христофоровича Розанова, могила которого находится на Истринском городском кладбище.
10 февраля 1903 года Владимиром, митрополитом Московским и Коломенским Иоанн Беляев рукоположен во священника и определен настоятелем Преображенского храма села Никулино.
По словам внучки, супруга отца Иоанна, Мария Алексеевна, воспитанная в городе и получившая хорошее образование, с первых дней замужества окунулась в тяготы сельской жизни. Земельный надел, скотина – это требовало постоянных трудов, еще и молоко приходилось ездить продавать в городе.
Летом 1904 года впервые в Никулино открылись ясли для деревенских детей. Разместились ясли в церковноприходской школе, просторном и светлом здании, состоящем из трех комнат и кухни. Заботу о детях взяла на себя жена священника М. А. Беляева. За месяц в яслях побывало 50 детей, в основном пятилетнего возраста и младше и в последующие годы в Никулине ясли снова в летние месяцы открывали на средства Елисаветинского комитета города Воскресенска. Перед революцией было подано прошение о награждении «жены священника Марии Алексеевны Беляевой, которая с 1909 по 1916 год безвозмездно работает в организации яслей и несет тяжелый труд в течение ряда лет».
С 1904 по 1914 годы отец Иоанн проходил должность законоучителя в Воскресенской двухклассной монастырской школе. В послужном списке отца Беляева записано: «С 1903 года утвержден в должности законоучителя и заведующего в Никулинской церковноприходской школе. Проходит должность законоучителя в двуклассной монастырской Ново-Иерусалимской школе». А с 1914 по 1918 годы состоял наблюдателем церковноприходских школ Звенигородского уезда. В 1916 году священник Иоанн Беляев был избран членом благочиннического совета. Отец Иоанн состоял и в обществе трезвости, входил также в Братство ревнителей Православия, созданное, в соответствии с решением Священного Собора годов для защиты Ново-Иерусалимского монастыря от противоправных посягательств со стороны властей.
У отца Иоанна было четверо детей. Из материалов следственного дела известно, что старший сын Виктор работал – электросварщиком в Москве, дочь Валентина – машинисткой в Москве, сын Алексей – в Никулинском промколхозе, дочь София – в истринской райтопконторе. С началом войны оба сына ушли на фронт. Виктор вернулся, а Алексей пропал без вести в Брянских лесах.
Служение отца Иоанна было отмечено церковными наградами. За труды по народному образованию был награжден:
— в 1908 году – набедренником,
— в 1912 году – скуфьей,
— в 1916 году – камилавкой
— в 1920 году за пастырскую службу Иоанн Беляев получил наперсный крест.
После революции отец Иоанн Беляев остался служить при Преображенском храме, перед трудностями не отступал и представителей новой власти не боялся. Председателю Истринского райисполкома, зашедшему однажды в храм в кепке и с папиросой в зубах, он сказал:
– Я научу тебя вести себя в храме.
В апреле 1922 года в Никулине изъяли церковные ценности «для передачи в Горхран в фонд помощи голодающим» согласно описи: две серебряные ризы, серебряные чаша, дискос и звездица, шесть серебряных лампад без цепей, дарохранительница, серебряные крест, ветка и монета. В итоге было изъято серебра общим весом 13 фунтов 19 золотников ( 5,5 килограммов).
С приходом Советской власти жизнь священнослужителей стала невыносимой. Семья Беляевых держала корову и имела 20 ульев. Отец Иоанн переплетал книги и делал небольшие чемоданы – этим и выживали.
Никулинская церковь сгорела в 1929 году.
По рассказам местных жителей и потомком отца Иоанна.
Настоятель храма – протоиерей Иоанн Беляев совершал Литургию, как внезапно начался пожар со стороны алтаря.
Прихожане стали выбегать на улицу, выносить иконы и церковную утварь, а отец Иоанн не захотел покидать храм и продолжал совершать службу. Когда огонь распространился внутрь храма, прихожане на руках вынести отца Иоанна. Так как служба была не закончена, отец Иоанн взял антиминс и необходимые богослужебные сосуды, пошел на Никулинское кладбище и докончил Литургию на плите одной из могил.
Внучка протоиерея Александра Беляева, Лариса Ивановна Журина, подтвердила это факт. Было предположение что пожар возник по неосторожности, но несмотря на то что церковь была деревянная, огонь быстро охватил стены храма. Скорее всего храм под подожжен.
После этого отец Иоанн, вследствие усилившихся гонений на духовенство, вынужден был переехать от семьи из Никулина в слободу Макруша. В 1929–1935 годы был благочинным приходов Истринского и Новопетровского районов Московской области. В 1935 году, согласно данным из следственного дела, отец Иоанн был протоиереем, настоятелем Троицкой церкви в селе Троицкое.
20 мая 1935 года отца Иоанна арестовали, как главу «антисоветской группировки контрреволюционно настроенных попов», и поместили в Бутырский изолятор НКВД. Обвиняли священника в антисоветской агитации, распространении провокационных слухов о голоде, войне и скорой гибели советской власти, требовали признания в контрреволюционной деятельности. Допросы продолжались четыре дня. Когда его спросили о проповедях, он заявил, что «содержание моих проповедей сводилось к тому, чтобы на основе взятых примеров из Священного Писания мобилизовать верующих на защиту религии, храмов, за их сохранение. Все мои антисоветские высказывания вызывались бесправием, угнетенностью духовенства, теми оскорблениями, которые нам приходилось терпеть. Это вызывалось желанием в отместку нанести боль и оскорбление советской власти. Я знал, что судить меня за это будут и на суде я скажу «Врачу, исцелися сам»(Лк.4:23). Согласно постановлению Особого Совещания при НКВД от 14 июня 1935 года отец Иоанн был приговорен к пяти годам ссылки в Северный край. В ссылке находился в Сыктывкаре КомиАССР, работал чернорабочим на строительстве больничного городка.
Протоиерей Иоанн Беляев был осужден 24 марта 1939 года по статье 58-10 части 2 и 11 УК РСФСР и приговорен к десяти годам лишения свободы и пяти годам поражения в правах. Отца Иоанна отправили в Верхне-Човскую исправительно-трудовую колонию НКВД. Иоанн Алексеевич, отбывая наказание, умер 20 августа 1940 года от гастроэнтероколита и старческой слабости. Он не дожил месяц до своего 67-летия.