Самое раннее упоминание Никулина (или Микулина) в письменных источниках относится к первой половине ХVI в. В Сотной книге А.С. Упина записано, что в 1538 г. Микулино входило в Мушкову волость (или Мушков стан, или Мушкова гора), известную с 1328 г. Центр Мушкова стана находился недалеко от современной дер. Синево и принадлежало Иосифо-Волоцкому монастырю.
По писцовым книгам 1584-1586 гг. Микулино — сельцо Сурожского стана Московского уезда, вотчина дьяка Ивана Андреева. В писцовой книге было указано: «за дьяком за Иваном за Ондреевым что прежде было за Микитою за Матвеевым сыном Пушкина». По смерти дьяка И. Андреева сельцо перешло к его сыну Алексею. При этом владельце Микулино стало деревней.
В соответствии с замыслами патриарха Никона все ближайшие окрестности монастыря получили палестинские названия. Село Микулино носило название Преображенского, и новое освящение церкви, по всей вероятности, было осуществлено патриархом Никоном.
По неподтвержденным данным, церковь сгорела в 1929 г.
17 августа 2000 года была зарегистрирована община прихода Никольской церкви села Никулино, которой был выделен земельный участок под строительство храма общей площадью 1000 кв.м.
7 сентября 2003 года по благословению Митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, благочинный церквей Истринского церковного округа священник Димитрий Подорванов освятил крест на месте строительства храма.
С 25 августа 2007 года во временном храме-вагончике началось регулярное служение Божественной литургии.
13 января 2009 года настоятелем храма назначен протоиерей Вячеслав Коновалов.
11 октября 2009 года
11 октября 2009 года по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия благочинный церквей Истринского церковного округа протоиерей Димитрий Подорванов совершил чин закладки храма в честь святителя Николая Чудотворца. В том же году началось строительство здания воскресной школы. 22 августа 2010 г. была совершена первая Божественная литургия в цокольном этаже строящегося храма.
Весной и летом 2012 года возводился шатер над храмом. В начале осени здание было подведено под крышу. 25 сентября состоялся чин освящения и воздвижения креста на центральный купол шатрового храма. 19 декабря, в день престольного праздника Святителя Николая, была совершена первая Божественная литургия в основной, верхней части строящейся церкви. 14 апреля 2013 года был совершен чин освящения креста звонницы и колоколов. В том же году храм был оштукатурен и окрашен. Произведена облицовка шатра керамическими изразцами, началось сооружение каменной ограды по периметру.
Летом 2014 года в юго-восточной части храмовой территории началось сооружение настоятельского корпуса. В течение следующего сезона все наружные работы по зданию были завершены.
В 2016 году было получено благословение митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия на обустройство в настоятельском корпусе домового пещерного храма в честь прпп. отцов Киево-Печерских и оборудование часовни свт. Иоанна Шанхайского над пещерным храмом. 27 сентября пять крестов было поднято на купола храма преподобных Киево—Печерских отцов. В декабре в этом храме состоялась первая Божественная литургия.
В 2017 году было получено благословение митрополита Крутитского и Коломенского Ювеналия на наименование приделов при Никольском храме: Преображенского, Казанского, Новомучеников и исповедников Церкви Русской Истринской земли.
28 мая 2017 года в Никулино на прихрамовой территории состоялся первый фестиваль русских традиций «Никола Вешний̆», посвященный̆ дню святителя Николая Чудотворца.
В день 9-й годовщины закладки храма, 11 октября 2018 года, была завершена пятилетняя работа по сооружению главного иконостаса храма. В начале 2019 года были завершены все работы по возведению иконостасов трёх приделов и пещерного храма.
14 июля 2019 года состоялось Великое освящение Никольского храма. Чин Великого освящения и Божественную литургию совершил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий.
Для духовно-нравственного и творческого развития прихожан действует воскресная школа «Фавор» при храме. В настоящее время более 25 детей и 20 взрослых прихожан обучаются по следующим предметам: Литургика, Закон Божий, Керамика, Подготовка к школе, Рукоделие, и другим дисциплинам. Так же при школе имеется семейный клуб «Мамочки», подростковое объединение «Добровольцы» и детская театральная студия.
